本尊は聖徳太子自らが刻んだと伝えられる十一面観世音菩薩で、大阪府指定文化財。中世にはたびたび戦火に見舞われ、荒廃したが、江戸中期に慈雲尊者が再興した。大阪が生んだ真言宗の高僧・慈雲尊者は享保3年（1718）、中之島の高松藩蔵屋敷にて誕生し、田辺の名刹・法楽寺にて出家。その後、河内の野中寺で修行し、22歳で法楽寺住職となったが同門へ譲った後、1744年（延享元）、この長栄寺を再興して住職となり、41歳の春までここで修行し、正法律（真言率）の復興を唱え、その道場とした。慈雲尊者はまた『十善法語』『方服図儀』『梵学律梁』などを著わし、仏教史上稀有な偉人として「日本の小釈迦」とも呼ばれている。文政8年（1825）、本堂が全焼したが同年に再建。境内の奥には、慈雲尊者が修禅研学をしたという双龍庵禅那台が残る。